Program kajian di PSIK-Indonesia ditentukan secara independen oleh para peneliti berdasarkan pilihan mereka mengenai isu-isu penting yang berkaitan dengan kajian keislaman, kenegaraan, kebangsaan dan pengembangan ilmu-ilmu kemanusiaan. Rekomendasi kebijakan dibuat dengan mempertimbangkan kepentingan jangka panjang sebagian besar masyarakat Indonesia, bukan hanya kepentingan dan capaian jangka pendek sekelompok tertentu. PSIK-Indonesia berkomitmen melanjutkan kajian pada wilayah-wilayah baru dengan pendekatan yang inovatif.
A.1 Kajian Islam
PSIK-Indonesia mengkaji sumbangan-sumbangan Islam sebagai agama, fenomena politik, sosial, dan budaya, tentang aspek-aspek kemasyarakatan yang beragam secara nasional. PSIK-Indonesia juga menggali tradisi Islam yang diharapkan dapat menyumbang dan kemudian diperkaya oleh nilai-nilai kemanusiaan. Temasuk dalam hal ini adalah kursus keislaman, mencakup: peradaban Islam, apa artinya, bagaimana lintasan sejarah, dan filsafat Islam (bagi peserta non-muslim)
A.2 Kajian Kenegaraan
Sejak kemunculannya sebagai satu bangsa yang baru dan kemudian menjadi salah satu negeri demokratis, Indonesia menghadapi banyak kesulitan dan masalah yang di antaranya disebabkan oleh korupsi. PSIK-Indonesia melakukan kajian berkaitan dengan reformasi demokratis dengan satu pandangan menuju tata pemerintahan Indonesia yang lebih baik, lebih kuat, dan terhormat.
A.3 Kajian Relasi Islam dan Kenegaraan
Kajian mengenai Islam dan hubungannya dengan negara Indonesia merupakan isu yang paling penting. Karenanya, kajian relasi Islam dan kenegaraan yang melihat tegangan antara agama dan bangsa menjadi sentral bagi setiap kajian PSIK-Indonesia.
A.4 Studi Ilmu Kemanusiaan
Kajian dan pengembangan ilmu kemanusiaan menjadi salah satu hal yang sangat diperhatikan oleh PSIK-Indonesia. Buruknya tata pemerintahan dan kebijakan publik di Indonesia merupakan efek tidak langsung dari lemahnya pengembangan riset ilmu-ilmu kemanusiaan di Indonesia sebagaimana yang tergambar dalam banyak lembaga pendidikan di negeri ini. Karena kesadaran ini, PSIK-Indonesia kemudian berkomitmen untuk melakukan pengembangan dan riset ilmu-ilmu kemanusiaan secara mendalam dan inovatif.
